Část kolektivu byla zapojena do řešení grantového projektu GA ČR č. 201/97/0395 "Topologické a variační metody řešení nelineárních okrajových úloh" (P. Drábek, J. Čepička, P. Girg, G. Holubová). Část kolektivu byla zapojena do řešení projektu GA ČR 201/98/1453 "Bifurkace řešení variačních nerovnic a inkluzí s aplikacemi k matematickým modelům v přírodních vědách" (M. Kučera, J. Eisner). E. Rohan řešil grantový projekt PD GA ČR 106/98/P218 "Matematické modelování svalových tkání". Další část kolektivu (M. Brandner, J. Frisch) se podílela na řešení projektu INFRA II LB 98 246 "Využití a podpora superpočítačových technologií - projekt Lyra". Všechny grantové projekty byly úspěšně řešeny a velmi dobře hodnoceny.